1996-1999
1996
01.04.1996: Vangede, Islev, Husum, Godthåbsvej, Peter Bangs Vej, Jersie, Måløv, Ordrup, Bernstorffsvej, Langgade og Dybbølsbro stationer bliver selvbetjente.
Servicetelefoner opsættes på alle S-togsstationer.
29.06.1996: Bispebjerg Station åbner.
28.09.1996: Godthåbsvej Station skifter navn til Grøndal Station. Ændringen skete på baggrund af et ønske fra Grøndal Lokalråd.
De første 4. generations tog anskaffes (anskaffes løbende frem til 2005).
1998
24.05.1998: Frederiksberg Station lukker (for at give plads til Metrobyggeriet), og Vanløse-Frederiksberg afkortes til Vanløse-Solbjerg (Da togene i en periode alligevel skulle til Frederiksberg for at vende fortsatte betjeningen af Frederiksberg indtil 20.06.1998).
01.02.1998: Vallensbæk station bliver selvbetjent.
01.07.1998: Abonnementsservice indføres. DSB S-tog er forretningsførende.
1999
01.01.1999: DSB S-tog a/s får status som et aktieselskab, der ejes fuldt og helt af DSB.